Par deux décisions en date du 8 avril 2025, la cour administrative d'appel de Bordeaux a annulé, d'une part, la preuve de dépôt de la déclaration d'une installation classée pour la protection de l'environnement (ICPE) pour l'exploitation par la société Deux-Sèvres Biogaz 4 d'une installation de méthanisation dans la commune de Lezay (Nouvelle-Aquitaine) et, d'autre part, le permis pour la construction de cette unité.
En février 2023, la société avait déclaré à la préfecture des Deux-Sèvres son installation de méthanisation de déchets non dangereux ou de matière végétale brute et de valorisation du biogaz par injection de biométhane. Le 20 février 2023, la préfète lui a délivré une preuve de dépôt. Par la suite, la société a effectué une demande de permis de construire portant sur une unité de méthanisation. Ce permis de construire lui a été délivré par un arrêté du 9 juin 2023.
Par deux requêtes distinctes, l'association Deux-Sèvres Nature Environnement et autres (1) ont demandé au tribunal administratif de Poitiers l'annulation, d'une part, de la preuve de dépôt de la déclaration ICPE et, d'autre part, du permis de construire de l'unité de méthanisation. Les requérants estimaient notamment que l'évaluation des incidences Natura 2000, zone sur laquelle devait être implantée le projet, était insuffisante. Le tribunal a rejeté leurs requêtes par des jugements du 8 juillet 2024 et 2 mai 2024. Les requérants ont fait appel.
Concernant la preuve de dépôt de déclaration ICPE, la cour estime que celle-ci était incomplète dès lors que le dossier d'évaluation ne comportait pas la localisation du projet dans le site Natura 2000, la topographie, l'hydrographie, le fonctionnement des écosystèmes, ou encore les caractéristiques du site et ses objectifs de conservation. De plus, le dossier d'évaluation ne comprenait aucune analyse des effets du projet, notamment sur l'état de conservation des habitats naturels et des espèces protégées (2) .
Même raisonnement pour le permis de construire, la cour estime que le dossier d'évaluation des incidences du projet sur le site Natura 2000 était incomplet, « comprenant des contradictions, et que les insuffisances, inexactitudes et omissions ont été de nature à fausser l'appréciation portée par l'autorité administrative sur la conformité du projet ». En effet, la société n'a pas renseigné que le projet aurait pour conséquence le dérangement des espèces protégées et la destruction de leur zone de nidification et que, dès lors, le permis de construire aurait dû contenir une demande de dérogation Espèces protégées.